Библиография в LaTeX, BiBTeX и JabRef

Этот пост является частью большой статьи
"Как оформить диплом в LaTeX?",
которую написал virens,
ведущий блога "Записки дебианщика"

Проблема: библиографический список документов LaTeX разросся и перевалил за несколько десятков источников литературы. Требуется быстро и просто оперировать с библиографическими ссылками в научных документах.
Решение: есть кроссплатформенные системы ведения баз данных библиографических ссылок в LaTeX, одна из них - JabRef.

При написании объёмных научных трудов часто возникает проблема работы с библиографией в LaTeX. Обычно на начальном уровне освоения LaTeXники применяют для указания ссылок на литературу такую конструкцию, помещая её в конец своего tex-файла:

\addcontentsline{toc}{chapter}{Литература}
\begin{thebibliography}{99}

\bibitem{catheydowskinewparadigm} W.T. Cathey and E.R. Dowski, ``New paradigm for imaging systems'', Appl. Opt. 41, pp. 6080-6092, 2002.

Это значит буквально то, что написано: добавить главу "Литература" в конец списка, а ссылки (bibitem) указать в порядке перечисления их ниже. Вот тут-то и лежат грабли для начинающих TeXников - в тексте ссылки пронумеруются в том порядке, в котором они тут указаны, а не в порядке упоминания.

Кроме того, начнутся большие проблемы, когда вы захотите часть литературных источников включить в другой документ. Какие из них брать? В каком порядке? Или вспомнить, каким словом вы обозвали какую-то книгу или монографию? Вот тут нам и приходит на выручку BiBTeX...

Библиографические базы данных
Это простой текстовый файл, в котором перечислены ваши библиографические ссылки, и работают с этими файлами специальные (но простые для использования) программы. При этом каждый раз, когда вы собираете LaTeX-файл, создаётся специальный файл имяфайла.bib, в который из этой самой базы (bib-файла) надёргиваются источники литературы, указанные в тексте.

Таким образом, вы избавлены от забот с библиографией - теперь вы будете добавлять источники литературы не в сам LaTeX-документ, а в bib-файл при помощи удобной графической программы. Эту библиографическую базу вы сможете использовать для многих документов, что имеет свои преимущества:

1. если в описание ссылки на литературу вкралась ошибка, её можно исправить в базе - и это будет изменено во всех документах, ссылающихся на неё;
2. ссылки появляются по мере упоминания и нумеруются правильно;
3. простой поиск в базе для выяснения ключа цитирования (подставляемый в \cite{});
4. возможность использования одной базы во многих документах;
5. импорт и экспорт в другие библиографические форматы.
   

Так что всё это стоит некоторых усилий - вы сможете просто писать \cite{источник} и не думать, в каком порядке и как отображается ссылка - лишь бы она была в базе. Всё просто и легко.


Как это работает
Для того, чтобы начать работу с BiBTeX, надо установить какую-нибудь оболочку к нему, создать новую библиографическую базу, заполнить её теми ссылками, которые у вас уже имеются в созданных LaTeXовских документах и слегка подправить в конце упоминание о библиографии. Если раньше вы писали в конце документа:

\addcontentsline{toc}{chapter}{Литература}
\begin{thebibliography}{99}

то теперь следует писать (не указывая расширения bib):

\bibliography{путь/к/файлу/библиографии}
например,
\bibliography{biblio/my}

и кроме того указать, какой стиль библиографических ссылок вы хотите использовать - чаще всего используется не сортированный (т.е. в порядке упоминания в тексте):

\bibliographystyle{unsrt}

Эту строчку ставим в шапке LaTeXовского документа, после разного рода \usepackage но до \begin{document}. Вот и все дела.

Здесь следует использовать возможности операционной системы, которые здорово облегчают жизнь. Например, у вас есть два LaTeX-файла в разных каталогах (скажем, две статьи). При этом они используют одну и ту же библиографическую базу, которая находится в другом каталоге - как её использовать в разных документах!? Очень просто: Linux и *BSD системы давно умеют создавать символические ссылки на файлы и каталоги. Предположим, что библиографическая база my.bib находится в каталоге ~/docs/matlab/docus/topics/biblio/ и в латеховском документе указывается как \bibliography{biblio/my} - поэтому нужно просто сделать символическую ссылку (симлинк) на каталог, в котором база хранится:

ln -s ~/docs/matlab/docus/topics/biblio/ biblio

и перекопировать симлинк в нужные каталоги, в которых находятся ваши латеховские документы. Всё, теперь все они будут работать с одной и той же базой. Легко и просто.

Надеюсь, я вас убедил и теперь осталось только всё это установить.


Приступаем к установке
Для того, чтобы всеми этими чудесами воспользоваться, нужно поставить программу-оболочку для работы с BibTeXом. Можно и руками набивать базу - пожалуйста, можно воспользоваться программами, уже имеющимися в дистрибутиве. Например, для Debian v3.1 Sarge, если поискать в репозитории:

# apt-cache search bibtex | grep tool bibtool - A tool for manipulating BibTeX data bases. bibview - X11 Bibliography database tool pybliographer - tool for manipulating bibliographic databases bibtool-dev - A library providing functions to deal with BibTeX files. search-ccsb - BibTeX search tool search-citeseer - BibTeX search tool

то можно найти приличное количество таких программ.

Однако в плане удобства использования они сильно проигрывают JabRef, о которой и пойдёт речь дальше. Эта программа написана на Java, бесплатна и лицензирована под GPL - однако из-за того, что Java-машина в основную ветку дистрибутива Debian не входит (по лицензионным причинам), JabRef в Дебиане нет. Однако для неё есть дебиановский пакет, который можно скачать с сайта разработчиков, а пакет с Java-машиной - из non-free ветки дистрибутива Debian.

Ставим!
Итак, нам нужно скачать из Интернета пакеты j2re*.deb (у меня, например, jpre1.4_1.4.2.03-1_i386.deb), jabref*_all.deb (у меня установлен jabref_2.0.1-1_all.deb) и взять первый DVD-диск, на котором есть пакет java-common, входящий в стандартную поставку Дебиана.

Сначала ставим java-common из дистрибутива:

#apt-get install java-common

Далее ставим отдельно пакет с Java-машиной (если у вас более свежая версия - поправьте имя пакета):

#dpkg -i jpre1.4_1.4.2.03-1_i386.deb

Конфигуратор этого пакета может задать вопросы - типа согласны ли мы с лицензией (выбирать не приходится), и прочее. Отвечаем утвердительно - согласны с лицензией SUN и принимаем все остальные вопросы. Теперь ставим собственно JabRef - так же отдельно пакет (если у вас более свежая версия - поправьте имя пакета):

#dpkg -i jabref_2.0.1-1_all.deb

Всё - теперь добавляем JabRef в меню своего любимого оконного менеджера или графической среды и запускаем:

jabref

Так как программа на джаве, запускается она не быстро - это нормально. Интерфейс у неё простой и понятный.

Осталось только вбить литературные источники в этой программе в новую базу, сохранить, поставить во всех документах упоминание о том, что мы теперь используем BiBTex:

\bibliography{путь/к/файлу/библиографии}

и работать, как всегда - ставить ссылки на литературу, а уж BiBTeX сам разберётся, как её указать. И в конце вашего LaTeXовского файла всегда будет аккуратный список литературы по всем правилам хорошего тона.


Несколько советов
Во-первых, не забываем про архивирование данных - и особенно библиографической базы данных. Это теперь наше всё. Её можно экспортировать в HTML или просто скопировать куда-нибудь в другое место.

Во-вторых, разного рода издательства и их электронные ресурсы, такие как SpringerLink и Elsavier предоставляют Citations для опубликованных у них работ. Не проходите мимо них и собирайте эти замечательные файлы (они обычно в формате RIS, но могут быть и в других форматах). Скачав и импортировав в JabRef в свою базу такой файл, вы получите уже набранную информацию о статье или книге - вам только остаётся подобрать для неё подходящий ключ, на который будете потом ссылаться. И всё.

Для любопытных
Физически теперь ваши ссылки будут одним файлом с расширением bib, который, если его открыть текстовым редактором, будет похож на:

This file was created with JabRef 2.0.1.
Encoding: KOI8-R

@ARTICLE{catheydowskinewparadigm,
author = {W.T. Cathey and E.R. Dowski},
title = {New paradigm for imaging systems},
journal = {Appl. Opt.},
year = {2002},
volume = {41},
pages = {6080-6092},
owner = {penta4},
timestamp = {2006.05.12},
}

Это и есть ваша база данных библиографии. Её, как сказано выше, можно набивать чем угодно - программами или руками, а так же привлечь к этому делу скрипты. Так же можно обмениваться ими с коллегами по работе. В общем, полная свобода действий.


Как переименовать "Литература" (rename References in LaTeX)?
Если необходимо оформить список литературы для диплома, чтобы само название было СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ по центру (например). В зависимости от того, чем вы там диплом формляете (может, мудрёные пакеты какие), сделать можно вот так:

\begin{document}
\renewcommand\refname{\centering СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ}

Это если для стиля article. Если для report или book, тогда:

\renewcommand\bibname{СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ}

Почерпнул мудрости здесь.