Научные программы в Linux: обработка изображений

В Linux очень комфортно чувствуют себя люди с исследовательской чертой в характере - поэтому он так распространён среди физиков, математиков, геологов, химиков и научных работников других специальностей. Не удивительно, что научных программ в Linux великое множество, и часть из них присутствует в Debian GNU/Linux.

Так как я занимаюсь цифровой оптикой, то больше знаю о программах для обработки изображений. Ниже приведён их список с комментариями, полужирное выделение - значит есть в Debian GNU/Linux.


Оформление научных статей: LaTeX (пакет tetex и шрифты к нему), оболочка Kile, LyX, TexMaker.
Если в тексте есть больше одной формулы или ссылки на литературу - следует использовать для этого специализированный инструмент, который создан и заточен специально для этого. Изобретать велосипеды с использованием "визуальных" редакторов - значит тратить свои нервы, ресурсы и силы понапрасну.
Ссылки: Описание установки ЛаТеХа, оболочек Kile, LyX, TexMaker. Пакеты расширений для ЛаТех.


Средство работы с библиографией: BibTeX, Оболочка JabRef (есть пакет для Дебиана, программа под GPL, основана на Java – поэтому в дистрибутиве нет, но скачать вместе с Java-машиной можно).
Когда количество ваших литературных источников перевалит за полсотни, просто перечислять их в конце документа LaTeX будет утомительно, и, кроме того, трудно их выставить по порядку обращения.
Ссылки: Описание установки JabRef и работы с ним.


Численное моделирование: Octave или MATLAB for UNIX (для всех и Линукса в том числе). Программы, написанные в MATLAB, отчасти будут запускаться в Октаве, но... Октаву придётся долго доводить напильником неизвестной мне конфигурации. Как альтернатива - да, как рабочий инструмент - только если рядом есть знакомый октавист. Ссылки: Описание установки MATLAB.


Символьные расчёты: Maple for Linux или Maxima.
Иногда требуется символьно взять интеграл или найти производную. Для простых вещей есть своя голова, для более сложных - запрячь компьютер и MAXIMA. Maple поставить можно - есть линуксовая версия.


Построение графиков: GNUplot + писать для него скрипты на Perl/Bash.
Много программ я пересмотрел для построения графиков - и все они убоги, в том числе навороченные, но до ужаса неэффективные монстры типа Origin. Не так давно мне пришлось строить очень много графиков - сотню. Для разных результатов, с различными подписями по осям и греческими символами в заголовках. Час на написание и отладку Perlового скрипта и 5 секунд работы программы.
Ссылки: Построение научных графиков в GNUplot.


Создание нейросетей: Genesys.
Имитатор нейронных сетей общего назначения. Пока не использовал, но говорят о нём очень уважительно.


Графический редактор для огромных изображений: nip2.
Специализированный профессиональный графический редактор для анализа огромных изображений. Таблично-ориентированный интерфейс, быстрые алгоритмы обработки изображений. Создавался для Национальной Галлереи в Лондоне.
Ссылки: О программе nip2 и её возможностях.


Поточная обработка изображений: ImageMagick.
Это пример того, что называется CLI Magic. Нужно в огромном количестве изображений поднять гамму, повысить резкость и перевести в ч\б. ImageMagick и за полчаса написанный скрипт за минуту выполнит полугодовую работу.
Ссылки: Работа с ImageMagick - описание ключей для программы.

Другой интересный научный софт, которого в Дебиан нет, но можно скачать отдельно, можно найти на этом ресурсе.